El árbol filogenético es una representación de la historia evolutiva y las asociaciones entre especies y tiene como objetivo poder organizar la información de los ejemplares de una manera fácil de interpretar.
Los árboles filogenéticos básicamente lo que hacen es representar hipótesis sobre las relaciones a nivel evolutivo entre un grupo de organismos. Es posible construir un árbol filogenético que tiene las características morfológicas, conductuales, bioquímicas o moleculares de las especies y otra clase de grupos.
Un árbol filogenético tradicional debe contener la información de las especies en cuestión junto a sus características morfológicas, conductuales, bioquímicas y moleculares.
Las ramas del árbol van mostrando los caracteres derivados compartidos, marcando cómo fueron evolucionando cada una de las especies con un ancestro en común.